究竟喝咖啡對身體健康有沒有幫助，一直是有爭議性的議題，固然，科學研究認為咖啡有減少各項疾病發作的作用，但一般人總會聽到，咖啡會刺激神經，導致失眠、心悸、甚至咖啡因成癮，認為咖啡是「不健康」的飲料。
根據國外健康媒體《Naturalnews》及《Collective-Evolution》的報導，咖啡幫助氧化游離脂肪酸，有助於提高代謝及減肥，飲用一杯咖啡可提高3-11%的代謝率，還能增加氧化游離脂肪酸的效率44%。飲用咖啡同時可保護肝臟，避免酒精性的肝硬化，更可降低55%肝硬化的風險。有趣的是，人們以為茶葉中的咖啡因也對肝臟有同樣效果，然而研究卻指出，唯獨咖啡有如此強大的護肝功效。
咖啡另一項重要功效是能降低罹患包括乳腺癌在內等各種癌症的風險。根據該篇報導說明，喝1-4杯咖啡可減少大腸癌風險15%，每天飲用兩杯咖啡，可降低肝癌43%風險，以及子宮內膜癌20%，也有防止神經膠質瘤的效果。咖啡還有改善記憶力及促進血液循環的效果，每天飲用6杯咖啡，可降低痛風風險40%。
哈佛大學公報去年發表的研究指出，咖啡是效果強大的「酏劑」，每天喝咖啡可降低6%的死亡率，3杯則降低8%，五杯降低15%，更重要的是，哈佛大學也提出每天喝6杯咖啡可降低22%罹患2型糖尿病的風險。咖啡本身含有高度的抗氧化劑，能保護心血管，減少中風機率，能減少心臟病及心肌梗塞的風險。
研究報告指出，每天喝3-5杯咖啡的中年人，老年後可降低阿茲海默症與老年癡呆症65%的風險，研究發現，咖啡因可增加體血液中GCSF的含量，而阿茲海默症患者的GCSF遠低於正常人，相信是因為咖啡因保護了腦細胞的蛋白受體所致。
事實上，除了個人過敏體質所造成的飲用不適之外，咖啡本身確實對人體保健有相當多的益處，《Collective-Evolution》報導指出，只要把握「使用真正高品質豆子」、「少糖少奶及少甜味劑」、「睡前6小時不喝咖啡」、「瞭解自己接受咖啡因份量的極限」四大原則，就能善用咖啡的保健效益，喝出健康人生。