扁馬執政時期投入大筆特別預算治水，南部卻是遇水仍淹。審計部「中央政府流域綜合治理計畫第2期特別決算審核報告（105 年度至 106 年度）」指出，雨水下水道、河川區排水管理及治理、農田排水等六大計畫，實現率未達8成。
審計部指出，治水預算投入後，易淹水地區保護面積雖然已增加 400多平方公里，但整體預算執行率未如預期，雨水下水道、河川區域排水管理及治理、農田排水、設施區域及農田排水瓶頸改善、水產養殖排水、輔導設置農業產銷設施及分散產區等 六項工作計畫，實現率未達8成， 主因管線遷移及用地問題、天候及地理條件欠佳、變更設計或相關行政作業處理費時等。
政府興建滯洪池治水，審計部指出，水利署自民國93至103年間， 自建或補助、委託各縣市政府興建完成36座滯洪池，總面積 856.36公頃，設計滯洪量 1964 萬餘立方公尺，主要分布於雲林、嘉義、台南及高雄等西南沿海地區。之後流域綜合治理計畫總計核定興建 31 座滯洪池，由水利署所屬各河川局自辦或委託各市縣政府執行，但截至民國 106 年底止的統計，僅完工5 座，其餘26 座因工程用地未取得及民眾抗爭等仍未完工。