日本共同社報導，台鐵普悠瑪的製造商「日本車輛製造」說，供應給台鐵的19個編組於車頭有裝列車防護系統（ATP），但都有監控設備沒有接線的失誤，若台鐵局要求，日車願進行修理。
日本車輛製造的股價於開盤後已大跌500點，至日本時間上午10時39分為2463點，是今年以來的最低，與前日收盤相比跌幅為16.87%。
上月21日普悠瑪翻覆造成逾200人死傷，共同社報導，日本車輛製造坦承，通知ATP關閉指令的功能沒有作用，確認設計圖以後得知，當時配線沒接就直接交車。報導說，台灣方面認為事故肇因為車速過快，司機員當時曾以無線電報告有關掉了ATP，所以日車認為，「通知功能未作用，與事故無因果關係，自動減速功能本身也沒有問題。」但日車說將努力防止類似事件再發生，「設計負責人的確認不確實。」
朝日新聞報導，事故發生後的2天、10月23日，台鐵局曾要求日車調查ATP監控功能，10月29日日車確認設計負責人的失誤，部分配線未依說明書接線，以致功能沒有作用。
日本讀賣新聞說，日車表示，自動通知功能是台鐵局要求而導入的。
共同社報導，日本車輛製造從2013年1月至2016年2月提供給台鐵與本次事故相同的列車19編組、共152節車廂，ATP在每個編組的車頭，都發生相同的接線失誤。
立委黃國昌於10月26日曾在立法院爆料，台鐵局於10月25日要代理商至樹林機廠去測試車上有沒有安裝相關的管線，當時交通部長吳宏謀說，台鐵沒有向他回報這件事，也說初步了解普悠瑪沒有遠端監視系統。