今有媒體報導，國立大學教授赴陸改行程需申請，引發教授反對。對此，內政部今發新聞稿澄清，兩岸條例本來就規定，簡任或相當簡任第11職等以上的公務員赴陸，應向內政部申請許可，公立學校兼行政職務之教育人員也應遵守這項規定，內政部近來發現過去有些未能確實遵守這項規定，所以日前才特別再發函善意提醒，以避免有公務員觸法受罰，完全無涉大學自治。
內政部表示，依兩岸條例規定，公務員應向內政部申請許可，始得進入大陸地區，如未經許可，可處新臺幣2萬元以上10萬元以下罰鍰。故公務員赴陸應事前申請許可，是屬法律明定的義務，非屬大學自治事項之範圍。
內政部解釋，現行公務員赴陸管理機制是採「事前申請」制，相當簡任11職等以上教育人員赴陸，也應事先申請許可，事後發現未經許可，恐遭受裁罰。因過去實務發現，部分申請人取得赴陸許可後，並未依照原申請許可日期赴陸，或活動內容、接觸對象等行程，與原申請許可的行程不符，卻未依規定申請變更行程。內政部於是在今年1月初，才特別再發函善意提醒相關人員遵守法定義務，以避免事後受罰，這與大學自治無關。
內政部指出，赴陸申請案經內政部許可後，如有行程變更，仍應事先申請行程變更，才符合兩岸條例規定的意旨。在出境前如已知行程有變更，原則上應於「赴陸前」申請變更行程；若是出境後，遇突發情形，需變更行程，也應於「行程變更前」申請變更，但只需到內政部移民署線上平臺辦理變更申請，隨時隨地均可上網提出，且並非整個案件重新申請，也並無媒體報導所稱2個工作天前申請之限制。
內政部表示，行程中，若真有不可抗力之情形，而未及事先提出申請，也可於返臺後，再報備行程變更。內政部希望公務員，不要因為一時的疏忽，而觸法受罰。