為了強化企業落實勞基法，勞動部密集進行跨部會協調，結合部會各種手段刕管齊下，強制企業遵守勞基法規定，如果有違反勞基法重大情節或是累犯，諸如租稅減免、評鑑成績及換發執照等權利都會受影響；另方面若無勞基法相關受罰紀錄，則可以提高權重方式予以獎勵，提高企業法遵誘因。
勞動部表示，落實勞基法無法單憑勞檢或是處罰手段，正如外界所說，很多大企業未必怕罰錢，也不擔心形象受損，但是如果違反勞基法可能影響實質利益，企業不敢大意。因此近期勞動部正透過跨部會協商，希望相關部會將落實勞基法程度納入現有評鑑、租稅減免或換發執照等機制。
例如醫療機構與社福機構屬於過勞高風險行業，勞動部已協調衛福部將勞基法受檢及開罰狀況納入上述機構評鑑查核機制，希望從源頭加強落實勞基法。
勞動部表示，很多醫院雖然醫療評鑑成績優良，但員工常超時或是未給付加班費，評鑑成績不見得反映真實企業形象，員工可能也不服。其他如客運業提出路線申執照等申請案，一併將勞基法落實情形納入權重評比，請或增加等申請案，也會將勞基法違規情節納入考量。
勞動部也與經濟部達成協議，對於申請投資減免租稅企業，若屬勞基法重大違規對象，如一年內因勞基法被罰50萬元或是三年內被罰超過100萬者，則無法獲得減免。
此外，基於媒體從業人員也迭有超時申訴案，勞動部最近也與國家通訊傳播委員會NCC開會，研擬對於媒體換發頻道或執照等申請案，一併將勞基法落實情形納入權重評比。