高雄市長韓國瑜力推自經區，農委會主委陳吉仲6日在臉書直播，批評自經區傷害台灣農民，7日藍委向陳吉仲下戰帖公開辯論自經區，陳吉仲也回應「樂意接受挑戰」。陳吉仲今再度在臉書上傳影片「17分鐘戳破自經區傷害台灣農業的真相」，指自經區是台灣農業毒藥，衝擊超過三分之一的農業總產值、還可能帶來食安疑慮。
陳吉仲今日在臉書上傳接近17分鐘的影片，分析自經區對台灣農業的影響。他說，國民黨政治人物又把馬政府時代的「自由經濟示範區」新瓶裝舊酒，換個名字叫「自由貿易經濟特區」，但不管怎麼重新包裝，都遮掩不了自經區是台灣農業毒藥的事實。國民黨政治人物為自圓其說，還惡意攻擊執政團隊鎖國，「如果這是真的，農產品外銷全世界怎麼會有亮眼表現？台商回國投資怎麼會屢創佳績？」
他說，自經區會為MIT品牌帶來嚴重損害，但對台灣農業的危害遠不止此，將造成五大衝擊。其一是「開放中國禁止進口的農產品免稅輸入，嚴重衝擊農產加工原料市場」，新版自經區條例第42條開放目前禁止進口的中國貨品，可自由輸入自經區內加工，包含紅豆、花生、鳳梨、稻米和豬肉等。加工後的產品除了外銷，若屬於非管制性，還可以內銷。第38條則提供輸入貨品免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費的優待。
第二是「掏空MIT品牌價值」。他說，中國農產品輸入自經區加工後，因為達成實質轉製加值，例如把花生做成花生油、花生醬，因此可以使用「台灣製造」的名義內外銷。造成消費者對MIT品牌的信心減損，而且中國低價原物料加上免關稅優勢，會促使加工業者更有誘因採用，實質排擠台灣農產品的銷售通路。
第三是「衝擊超過三分之一的農業總產值」。陳吉仲說，目前農業年總產值約5451億元，其中37%投入加工用途，約2017億元，可能因為自經區可以採用從中國進口的便宜原料而遭受嚴重衝擊。第四是「變相懲罰區外採用台灣農產原料的加工業者」，自經區內的加工業者可以採用十分低價且免關稅的中國原料，享受的優惠比區外採用國產原料的業者更多，對願意支持國產農產品的加工業者造成實質打擊。
第五是「可能帶來管理漏洞或食安疑慮」。陳吉仲說，新版自經區條例第41條規定輸入自經區的貨物除因重大事由排除公告外，可以不用申請簽證或核准，也不受其他法令有關輸出入規定的限制。這形同凌駕一切正常邊境管制措施的霸王條款，可能會對我國的進出口管理帶來嚴重漏洞。
「我要再次表達，對國民黨的自經區法案完全無法接受，而且強烈反對！」陳吉仲說，以上僅是例示自經區對農業部門較顯而易見的傷害，至於社會、文化、糧食安全等方面，也都可能造成深遠影響。且自經區並非只涉及農業議題，還包括財稅、教育、醫療、環境及勞工等等領域。