台鐵發生太魯閣號出軌重大意外後，各界要求改革的聲浪不斷，其中改制公司化是解決的主要方案之一，然而，改造台鐵的工程浩大，光公司化就會遇到多個挑戰，而這些挑戰都跟錢與人有關。（延伸閱讀：太魯閣號事故 台鐵公司化擬朝7大方向著手）
首先，台鐵累積虧損高達1200多億元，如果走向公司化，得沒有負債才能使其正常營運，政府得先把所有虧損打掉，再概括承受台鐵多年來的退休人事給付問題，讓新公司沒有沉重的歷史財務負擔。

其次，台鐵公司化後成為國營事業，應比照台北捷運公司，未來所有新的鐵道建設（含高架化、地下化、雙軌化、電氣化）、新列車採購等鉅額費用，全部由交通部負擔，完成後無償移交給台鐵公司營運，未來盈虧由台鐵公司自負。

第三，台鐵營運、維護路線長達1100多公里，其中不乏老舊的設備，在公司化前，政府必須逐一檢視並汰換老舊設備，否則新公司營運每天光處理電車線掉落、電力設備故障、鐵軌斷裂等狀況，根本很難正常營運。

第四，要讓台鐵自負盈虧，還得修改鐵路法相關規定，讓台鐵的土地資產可以靈活運用與開發，增加獲利能力，可預期台鐵票價很難隨著物價波動調漲，在政府不會有補助下，應該讓台鐵有較多的業務收入，來彌補低票價可能導致的虧損。

第五，公司化後因員工不具公務人員身分，所以聘用人才加入台鐵可以因才適用，更具彈性，但台鐵員工現在都是通過特考的正式公務員，他們的「身分」問題得先解決，這部份看是要仿照民營業者給予員工優惠的補償金，來結清年資，還是採公務員、一般員工雙重身分同時並用，這必須先和工會與同仁溝通，取得諒解才有辦法施行，而且員工薪資福利也要優於現況，才可能留住優秀人才。

第六，成為國營公司後，雖然用人較為彈性，但也會成為政府高層和民意代表安插其人馬的單位，如何避免濫竽充數，有必要訂定一套進用人員甄選標準，讓現有員工可以接受，新進人員也能服氣，否則靠背景進入的人搶占高位，將會嚴重打擊員工士氣。

綜合以上，光是錢的部分，政府至少得先準備2000億元，協助台鐵打掉虧損、汰換老舊設備和結清員工年資，之後每年還要視工程和列車採購進度，再編列數百億元的預算。

如果拿不出這些龐大的經費，那後面的人員身分處理和晉用新員工的事情，就不用提了，何況台鐵還有運工機電四大部門橫向聯繫、協調狀況不佳，以及員工缺乏創新的問題要改善，浩大的組織與企業文化建立工程，至少要好幾年才能完成，政府能否長期支持並堅持下去，都是極大的挑戰。