哈吉貝颱風在日本大範圍地區造成災情，日本氣象廳對東京與12個縣發布最嚴重級別的大雨警報，許多地方雨量破紀錄。朝日新聞報導，日本氣象專家指出，哈吉貝威力這麼強，是因為許多有利於颱風發展的氣象條件一起發生，哈吉貝堪稱「完美風暴」。
在哈吉貝接近日本並登陸時，從東方和東南方吹來的暖濕空氣，遇到關東地方秩父和丹澤、靜岡縣伊豆半島與東北地方南部的山脈，製造出強烈的上升氣流，導致日本大片地區出現接連不斷的雨雲。日本氣象廳預報課長梶原靖司12日在記者會上說，「雨雲大範圍發展」導致破紀錄雨量。
專家還指出，日本南岸海水溫度超過攝氏27度，比歷年均溫高一兩度，所以颱風吸取很多濕氣，而濕氣就是颱風的能量來源。
名古屋大學氣象學家坪木和久說：「通常在10月，乾燥的風會從西北方吹來，帶走颱風的溼氣，在颱風接近日本時，使雨雲密度降低，但這次不一樣，颱風接近日本時，雨雲保持完整。」
日本氣象廳說，當哈吉貝接近日本時，太平洋高壓系統比往年伸展得更廣，颱風沿著高壓系統邊緣北上，而後在西風吹拂下改道往東，使颱風直接侵襲關東地方。